Исследование панели генов на базе полноэкзомного секвенирования методом NGS. Исследование проводится на оборудовании NextSeq 550Dx (РЗН 2021/13216).

В рамках исследования анализируется 309 генов, для которых, по актуальным научным данным, имеется убедительная информация о этиопатогенном значении для моногенных форм эпилепсии.

Данная панель направлена на диагностику изолированных моногенных эпилепсий, наследственных метаболических эпилепсий, эпилепсий в составе других синдромальных заболеваний и самых частых эпилепсий, ассоциированных с пороками развития мозга.

Эпилепсия представляет собой крайне гетерогенное с точки зрения этиологии заболевание, которое может быть связано со структурными изменениями головного мозга (инсульт, перинатальное поражение ЦНС, травма, опухоли головного мозга, мальформации коры головного мозга, склероз гиппокампа), быть симптомом метаболического заболевания или инфекционного процесса, иметь иммуноопосредованную природу.

Отдельно выделяют генетическую эпилепсию, в которую включают моногенные заболевания и синдромы, хромосомные болезни и мультифакторные эпилепсии. В свою очередь, моногенные эпилепсии включают изолированные моногенные эпилепсии, моногенные синдромы и пороки развития мозга, дегенеративные заболевания нервной системы, наследственные болезни обмена веществ.

Изолированные моногенные эпилепсии включают следующие группы: ранняя эпилептическая младенческая энцефалопатия, миоклонус-эпилепсия детского и юношеского возраста, генерализованная эпилепсия с фебрильными судорогами плюс, доброкачественная фебрильная судорога височных и лобных эпилепсий ("Рекомендации Минздрава: Эпилепсия и эпилептический статус у взрослых идетей", 2022).

Определение этиологии эпилепсии является основой для выбора тактики терапевтического и хирургического лечения пациентов, а также для расчета риска рождения больного ребенка в отягощенной семье и планирования профилактических мероприятий.

Ограничения исследования

Помимо стандартных технических ограничений метода NGS (см. раздел II в приложении), следует учитывать ряд специфических особенностей данной панели, которые при отрицательном результате не позволяют полностью исключить все исследуемые патологии.

Данный тест позволяет проводить оценку только генов геномной ДНК и не включает исследование митохондриальной ДНК, изменения в которой также могут быть ассоциированы с эпилептическими синдромами.

Для проведения тестирования на митохондриальные заболевания рекомендуется использовать отдельные таргетные NGS-панели. Другие формы генетических эпилепсий, такие как эпилепсии, ассоциированные с хромосомными аномалиями, микроделеционными и микродупликационными синдромами, а также дегенеративные заболевания центральной нервной системы не включены в данную панель.

Также данный тест не позволяет детектировать экспансионные формы наследственных эпилепсий: синдром ломкой Х-хромосомы (FMR1), болезнь нейрональных внутриядерных включений (NOTCH2NLC), болезнь Унферрихта– Лундборга (CSTB), спиноцеребеллярная атаксия 10 типа (ATXN10).

Перечень исследуемых генов

AARS1, ABAT, ABCC8, ACTL6B, ADAM22, ADAR, ADCY5, ADGRV1, AKT3, ALDH7A1, ALG13, ALPL, AP2M1, AP3B2, ARF1, ARFGEF2, ARHGEF9, ARV1, ARX, ASAH1, ASPM, ATAD1, ATP1A2, ATP1A3, ATP6V0A1, ATP6V1A, BRAT1, BRD2, BTD, CACNA1A, CACNA1E, CACNA1H, CACNA2D1, CACNA2D2, CACNB4, CAD, CASR, CBS, CCND2, CDK5, CDKL5, CEP85L, CERS1, CHD2,CHRNA2, CHRNA4, CHRNB2, CILK1, CLCN2, CLCN4, CLN3, CLN5, CLN6, CLN8, CNPY3, CNTN2, CNTNAP2, COL4A1, CPA6, CPLX1, CRPPA, CSTB, CTSD, CTSF, CUX2, CYFIP2, DCX, DENND5A, DEPDC5, DMXL2, DNAJC12, DNAJC5, DNM1, DOCK7, EEF1A2, EFHC1, EHMT1, EMX2, EPM2A, ERMARD, FBXO28, FGF12, FKRP, FKTN, FLNA, FOLR1, FOXG1, FRRS1L, FZR1, GABBR1, GABBR2, GABRA1, GABRA2, GABRA5, GABRB1, GABRB2, GABRB3, GABRD, GABRG2, GAD1, GAL, GAMT, GATM, GCH1, GLI3, GLRA1, GLRB, GLS, GLUD1, GLUL, GNAO1, GNAQ, GNB1, GOSR2, GOT2, GPHN, GRIN1, GRIN2A, GRIN2B, GRIN2D, GRN, GUF1, HCN1, HCN2, HCN4, HCRT, HMBS, HNRNPU, IFIH1, IQSEC2, IRF2BPL, ITPA, KANSL1, KAT6A, KATNB1, KCNA1, KCNA2, KCNB1, KCNC1, KCNC2, KCNH1, KCNH5, KCNJ11, KCNMA1, KCNQ2, KCNQ3, KCNQ5, KCNT1, KCNT2, KCTD7, KDM5C, KIF1A, KIF5A, KPTN, LAMB1, LGI1, LMNB2, MACF1, MAP1B, MDH1, MDH2, MECP2, MEF2C, MFSD8, MMUT, MOG, MTHFR, NALCN, NAPB, NDE1, NECAP1, NEDD4L, NEUROD2, NEXMIF, NHLRC1, NOL3, NPRL2, NPRL3, NR2F1, NRXN1, NSF, NTRK2, OTC, OTUD7A, PACS2, PAFAH1B1, PAH, PARS2, PCBD1, PCCA, PCCB, PCDH19, PDE2A, PDHA1, PGAP2, PGAP3, PHACTR1, PHGDH, PIGA, PIGB, PIGN, PIGO, PIGP, PIGQ, PIGS, PIGT, PIGV, PIGW, PIGY, PIK3R2, PLA2G6, PLCB1, PLP1, PLPBP, PNKD, PNKP, PNPO, POLG, POMGNT1, POMT1, POMT2, PPP3CA, PPT1, PRDM8, PRICKLE1, PRICKLE2, PRIMA1, PRRT2, PSAP, PSAT1, PSPH, PTEN, PTPN23, PTS, PURA, QDPR, RELN, RHOBTB2, RNASEH2A, RNASEH2B, RNASEH2C, RNF13, ROGDI, RORB, SAMHD1, SATB2, SCARB2, SCN1A, SCN1B, SCN2A, SCN3A, SCN8A, SEMA6B, SERPINI1, SETD1A, SHANK3, SIK1, SIX3, SLC12A5, SLC13A5, SLC19A3, SLC1A2, SLC25A12, SLC25A22, SLC2A1, SLC35A2, SLC4A10, SLC6A1, SLC6A5, SLC6A8, SLC9A6, SMC1A, SNAP25, SPR, SPTAN1, SRPX2, ST3GAL3, ST3GAL5, STRADA, STX1B, STXBP1, SV2A, SYNGAP1, SYNJ1, SZT2, TBC1D24, TBCK, TBL1XR1, TCF4, TMTC3, TPP1, TRAK1, TREX1, TRIT1, TSC1, TSC2, TUBA1A, TUBB2B, UBA5, UBE3A, UFSP2, UGDH, UGP2, UNC80, WDR45, WDR62, WWOX, YWHAG, ZEB2